Ignoti sono la data di erezione e il nome di chi ne ha disposto la costruzione. La prima notizia risale al 1310 da Rationes Decimarum Italicae. Lo stile del piccolo portale dell'entrata attualmente secondaria, ma allora principale, sicuramente romanico-pugliese, è certa testimonianza dell'esistenza di tale chiesa nel XIV secolo. A quel tempo la chiesa aveva la funzione di oratorio. Nel 1770 venne ristrutturata, acquisendo quello stile barocco che ancor oggi la contraddistingue, per quanto permangano alcuni elementi riconducibili ad altri stili antecedenti come l'antico portale principale (oggi laterale) in stile romanico.

Al suo interno la volta è decorata con la grande tela dipinta a tempera raffigurante la Santissima Trinità con, ai lati, i medaglioni di San Rocco pellegrino e San Cirillo d'Alessandria, vescovo e dottore della Chiesa, patroni di Carpino.

Proprio a quest'ultimo è intitolata la chiesa, ma non ci sono documentazione che ne chiariscano i dettagli o che spieghino per esempio la dipendenza da questa chiesa della chiesetta di San Pietro in Cuppis.